Uczył się w gimnazjum w Brzeżanach, a następnie, w latach 1891-1898, w gimnazjum oo. Jezuitów w Chyrowie, gdzie zdał maturę. W latach 1898-1904 studiował medycynę we Lwowie, uzyskując doktorat z zakresu chorób wewnętrznych.

Wziął udział w obronie Lwowa w czasie wojny polsko-ukraińskiej (1918-1919), najpierw jako członek szefostwa sanitarnego w sztabie gen. Wacława Iwaszkiewicza, potem jako zastępca komendanta szpitala wojskowego Lwów-Politechnika, wreszcie jako zastępca szefa sanitarnego we Lwowie.

W latach 1904-1905 odbył praktykę kliniczną w Wiedniu. Od 1906 r. do 1914 r. pracował w klinice internistycznej Uniwersytetu Lwowskiego. W latach 1909-1914 prowadził również praktykę lekarską w uzdrowisku w Morszynie. Po demobilizacji w 1921 r. pracował jako asystent w Zakładzie Patologii Ogólnej i Doświadczalnej Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. W latach 1924-1939, po obronie habilitacji (1923 r.), pracował na stanowisku docenta w Katedrze Medycyny Wewnętrznej UJK. W latach 1926-1939 był zatrudniony również w Ubezpieczalni Społecznej we Lwowie. Od 1926 r. do 1935 r. był dyrektorem tej instytucji.

We 09.1939 r. był dyrektorem szpitala wojennego we Lwowie. Od jesieni 1939 r. do lata 1941 r. wykładał w Instytucie Medycznym we Lwowie. Był również konsultantem zarządu uzdrowisk. Ponadto w latach 1942-1944 wykładał wodolecznictwo i propedeutykę chorób wewnętrznych na wyższych kursach medycznych we Lwowie. Po wkroczeniu Armii Czerwonej do Lwowa przez pewien czas wykładał jeszcze w lwowskim Instytucie Medycznym.

W 05.1945 r. objął stanowisko docenta na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego. Wykładał balneologię i lecznictwo uzdrowiskowe. W Krakowie założył Państwowy Instytut Balneologiczny, który w 1946 r. został przekształcony w Instytut Reumatologiczny. Od 1946 r. był profesorem tytularnym UJ. Od 1950 r. wykładał w Akademii Medycznej w Krakowie (po wyłączeniu Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego i przekształceniu go w osobną uczelnię). Oprócz tego w latach 1950-1960 był kierownikiem Wojewódzkiej Poradni Reumatologicznej.

W latach 1936-1939 pełnił funkcję prezesa Lwowskiego Towarzystwa Lekarskiego. Od 1923 r. był stałym członkiem Państwowej Rady do spraw Uzdrowisk. Należał do Lwowskiego Towarzystwa do Walki z Gruźlicą, Związku Lekarzy Kas Chorych, a także Towarzystwa Przyjaciół Huculszczyzny.

W latach 1954-1956 był pierwszym prezesem Polskiego Towarzystwa Balneologicznego. Należał do polskich i zagranicznych towarzystw naukowych.

Do 26.05.1944 r. pełnił funkcję szefa sanitarnego Komendy Okręgu Lwów. Następnie do 31.07.1944 r. był szefem sanitarnym Komendy Obszaru Lwów.

Szef sanitarny Komendy Okręgu Lwów, szef sanitarny Komendy Obszaru Lwów

1.08.1914 r. zmobilizowano go do armii austriackiej, gdzie pełnił służbę jako lekarz wojskowy szpitali zakaźnych. W 07.1918 r. objął funkcję dowódcy pociągu sanitarnego na froncie włoskim.

Order Odrodzenia Polski 5 klasy (1954 r.) i 3 klasy (1958 r.)

Złoty Krzyż Zasługi (1938 r.)

Order “Gwiazdy Rumunii” 4 klasy

Jest autorem prac poświęconych balneologii i przyrodolecznictwu.

Fundacja CDCN, Wykaz fotografii i filmów ze zbioru Jerzego Węgierskiego dotyczących organizacji konspiracyjnych okresu wojny i okupacji na terenie Małopolski Wschodniej, nr 321;

Pempel S., ZWZ-AK we Lwowie: 1939-1945, Warszawa 1990, s. 99;

Rychter J., Spis dowódców ZWZ-AK, (bdmw), rękopis w zbiorach MAK;

Sabatowski Antoni Jan (1880-1967) [w:] Mazur Grzegorz, Węgierski Jerzy, Konspiracja lwowska 1939-1944: słownik biograficzny, Katowice 1997, s. 166-167;

Tomaszewski B., Węgierski J.,  Zarys Historii Lwowskiego Obszaru ZWZ-AK, Warszawa 1987, s. 33;

Węgierski J., W lwowskiej Armii Krajowej, Warszawa 1989, s. 248, 255.