W dniach 5–8 listopada 1939 r. został wypisany ze szpitala i przewieziony do rodzinnej Zgórznicy. Po przyjeździe, jako podporucznik służby stałej i emisariusz SZP, rozpoczął formowanie struktur organizacyjnych, powołując członków POW i zbierając rezerwistów z okolicy. Poza werbowaniem ludzi, gromadzeniem broni i pozyskiwaniem informacji o sytuacji wojskowej przeciwnika, zajmował się również sprawami cywilnymi, m.in. przypadkiem malwersacji funduszy przez urzędnika Inspektoratu Szkół w Łukowie, organizacją pochówku żołnierza w kościele w Stoczku oraz ustalaniem miejsc pobytu osób wywiezionych do obozów. W czasie wolnym uczył się języka niemieckiego i francuskiego, utrzymując przy tym kontakty z przedstawicielami niemieckiej administracji. Działał w sposób mobilny, korzystając z fałszywej legitymacji pracownika Państwowych Lasów w Łukowie oraz szerokiej sieci kontaktów w różnych środowiskach. Jego obszar aktywności przekraczał rejon Stoczka Łukowskiego i obejmował m.in. sektory: Łuków–Lipniak, Stoczek, Łopacianka, Żelechów, Siedlce–Tokary, Mińsk–Stanisławów, Mińsk–Siedlce.

Opuścił Stoczek w związku z misją zleconą przez Komendę Główną Związku Walki Zbrojnej na tyłach niemieckiej armii „Południe”. Wcześniej, według niektórych relacji, wspólnie z Adamem Nenckim ps. „Konrad” podjął próbę przedostania się przez Węgry i Jugosławię do Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie. Przedsięwzięcie nie powiodło się – w momencie przekraczania granicy węgierskiej rozpoczęła się niemiecka inwazja na Bałkany, co zmusiło obu uczestników do powrotu do Polski.

Trzy miesiące później, po rozpoczęciu operacji Barbarossa, Kaczor i Nencki wzięli udział w nowej misji jako członkowie pierwszej grupy zwiadowczej ZWZ działającej na tyłach niemieckich wojsk. Po dotarciu do Lwowa Wiktor Kaczor kontynuował działania na dalszych terenach wschodnich, towarzysząc Tadeuszowi Lachowi.